交通部航港局將於海上颱風警報發布前夕，啟動近岸12浬海域警戒區管制機制，呼籲航經臺灣周邊海域之各類船舶及早遠離危險海域避風，針對未依指示撤離之違規商船將依法嚴格處置，外籍商船將依商港法裁處禁止進港，本國籍商船則將依法實施安全營運與防止污染管理制度（NSM），以維護海域航行安全。

為全力於颱風影響前完成近岸海域淨空，航港局實施「海警發布前近岸12浬海域淨空措施」，於海上颱風警報發布前啟動預警機制，透過航行警告電傳（NAVTEX）、船舶自動識別系統（AIS）訊文及船舶交通服務中心（VTS）以特高頻無線電（VHF）等多元管道，持續發布防災告警，籲請警戒區內船舶及早駛離近岸12浬海域警戒區避風；至海上颱風警報發布前12小時，針對仍滯留警戒區內且非屬公務或救援等船舶，將通報海洋委員會海巡署執行勸離及必要驅離作業。

航港局強調，為強化颱風期間近岸海域安全管理，已於115年4月27日修正發布「商港法第十九條第四項有危及商港或公共安全之虞認定基準」第三點，增訂第十款規定，明定外籍船舶於颱風海域管制期間，經海巡署執行二次勸（驅）離後，仍無正當理由滯留或錨泊於管制海域內者，將認定有危及商港或公共安全之虞，依法裁處禁止進港；另本國籍船舶如未配合勸離或必要驅離措施，航港局將依法實施安全營運與防止污染管理制度（NSM），以督促業者落實船舶安全管理責任，確保颱風期間海上航行安全。

航港局呼籲，受薔琵颱風環流影響，基隆馬祖航線21日停航，22日、23日預計停航，惟因海氣象變化大，業者將視海象狀況於當日上午11時公告開航情形；高雄馬公航線21日至22日停航、將軍東吉航線21日停航；綠島航線21日上午開航至10時後無航班，22日、23日停航；蘭嶼航線21日至23日停航；小琉球航線目前仍正常開航，請旅客善用今(20)、明(21)兩日開航航班返臺，避免此時前往離島，以免航班停航滯留離島，出發前並請留意最新航班資訊及船公司公告。